SSČ se člení na následující úseky, divize, odbory a další organizační útvary:

Organizační schéma SSČ

Ředitel SSČ

• Sekretariát ředitele (SŘ)
• Útvar kontroly a řízení rizik (ÚKŘR)
• Útvar vnitroakademické spolupráce (ÚVS)

Poradenský a správní úsek (PSÚ)

• Úsek ředitele PSÚ
• Právní odbor (PO)
• Administrativně správní odbor (ASO)
• Centrum transferu technologií AV ČR (CeTTAV)

 Personální úsek (PÚ)

• ­Úsek personálního ředitele
• ­Dětské skupiny

Ekonomický úsek (EÚ)

• ­Úsek finančního ředitele
• Finanční účtárna

Divize Academia nakladatelství (DAN)

• ­Úsek ředitele DAN
• ­Redakce
• ­Výroba
• ­Velkoobchod
• ­Živa
• ­Maloobchod

Divize vnějších vztahů (DVV)

• Úsek ředitele DVV
• Odbor popularizace vědy (OPV)
• Odbor audiovizuálních technologií (OAT)
• Odbor projektů rozvoje lidských zdrojů (OPRLZ)
• Odbor akademických médií (OAM)

Divize konferenčních a hotelových zařízení (DKHZ)

• Úsek ředitele DKHZ
• Konferenční centrum AV ČR zámek Liblice (KC Liblice)
• Zámecký hotel Třešť
• ­Vila Lanna, penzion Marna, Gastronomické služby Národní
• ­Hotel Mazanka

Divize informačních technologií (DIT)

• ­Úsek ředitele DIT
• ­Odbor správy sítí (OSS)
• ­Odbor serverové infrastruktury (OSI)
• ­Odbor servisu a podpory (OSP)
• Odbor informačních systémů (OIS)
• Odbor správy webů (OSW)

Divize správy majetku a služeb (DSMS)

• ­Úsek ředitele DSMS
• ­Stavební odbor (STO)
• ­Provozní odbor (PRO)
• ­Odbor bytů a ubytovacích zařízení (OBUZ)